Formation Universitaire

DESS Ressources Génomiques et Traitements Informatiques

Faculté des Sciences Nancy I, Université Henri Poincaré

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Logo Université de LorraineMention Bien.
Faculté des Sciences Nancy I, Université Henri Poincaré.
Sous la direction du Professeur Pierre LEBLOND.

 Principaux Enseignements

  • Programmation et concepts en informatique.
  • Bases de données biologiques.
  • Traitement informatique des séquences nucléiques et protéiques.
  • Cartographie des génomes.
  • Séquençage des acides nucléiques.
  • Analyse et comparaison de séquences.
  • Méthodes d’étude globale de l’expression des génomes, et génétique inverse.
  • Prédiction de structures 3D de protéines et d’acides nucléiques.
  • Dynamique des génomes.
  • Evolution et phylogénie.
  • Génomique humaine, pharmacogénomique, épidémiologie.
  • Génomique virale

 

 Projet Tutoré

Développement d’un service web de recherche bibliographique appliqué au polymorphisme génétique, dans la pression sanguine et l’hypertension, chez l’Homme : « From Genomes to Bibliomes ».

 

 Stage de 7 mois à l’Institut Pasteur

Stage réalisé sous la direction du Professeur Antoine DANCHIN.
Développement d’une Base de Données dédiée à la connaissance génétique des Bactériophages et interrogeable via Internet, d’après le modèle GenoList.

  • Conception du schéma relationnel de la base.
  • Programmation de la structure de la base de données.
  • Identification, extraction et implémentation des données biologiques d’intérêt.
  • Adaptation de l’interface graphique pour l’interrogation de la base.
  • Paramétrages du système d’exploitation et des outils informatiques requis.
  • Collaboration avec un étudiant chinois en thèse : pratique de l’anglais.
  • Rédaction d’un mémoire de DESS.

 

 Matériel & Méthode

  • MacOS X, Interface UNIX.
  • Langages :
    • Unix
    • Perl : CGI, BioPerl, Perl DBI/DBD
    • SQL
    • HTML
    • JavaScript
  • Système de Gestion de Base de Données Relationnelles : MySQL
  • Méthode d’analyse : MERISE
  • Serveur Web : Apache
  • Données biologiques : National Center for Biotechnology Information


Maîtrise de Biologie Cellulaire et Physiologie

UFR Sciences et Techniques de Rouen

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Logo Université de RouenMention Assez Bien.
UFR Sciences et Techniques de Rouen, Place Émile Blondel, 76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.
Sous la direction du Professeur Marek LAMACZ.

 Principaux Enseignements

  • Physiologie animale
  • Physiologie végétale
  • Physiologie cellulaire et moléculaire
  • Métabolisme et régulation
  • Génétique moléculaire
  • Initiation à la bioinformatique

 

 Stage de 5 mois à l’Institut de Génétique et Microbiologie

Séquençage et étude de régions minisatellites chez Yersinia pestis.

  • Technique PCR
  • Purification d’ADN
  • Extraction d’ADN sur gel
  • Typage d’éléments d’insertion
  • Analyse de chromatogrammes
  • Utilisation d’outils informatiques de traitement et d’analyse :
    • PHRAP/PHRED
    • « Tandem Repeat Finder »
    • « Database for Tandem Repeat Investigations »
    • CLUSTALW
    • ALIGNn
    • BLASTn
  • Rédaction d’un mémoire de Maîtrise

 

Co-signataire publication

C. Pourcel, G. Salvignol and G. Vergnaud
« CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies »
Microbiology ; 151 : 653-663 ; Mars 2005

Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie

UFR Sciences et Techniques de Rouen

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Logo Université de RouenUFR Sciences et Techniques de Rouen,
Place Émile Blondel
76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.

Principaux Enseignements

  • Physiologie animale
  • Physiologie végétale
  • Physiologie cellulaire et moléculaire
  • Métabolisme et régulation
  • Génétique moléculaire

DEUG Sciences de la Vie

UFR Sciences et Techniques de Rouen

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Logo Université de RouenUFR Sciences et Techniques de Rouen, Place Émile Blondel
76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.

DEUG Physique-Chimie

UFR Sciences et Techniques de Rouen

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Logo Université de RouenUFR Sciences et Techniques de Rouen target=”_blank”,
Place Émile Blondel
76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.

Préparation aux grandes écoles – PCSI

Lycée Aristide Briand, Evreux

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Logo Lycée Aristide Briand EvreuxLycée Aristide Briand,
EVREUX.
Math. Sup. – Physique, Chimie, Sciences de l’Ingénieur (PCSI)

CV Grégory SALVIGNOL | Bioinformatique & Développements Web
   
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