Formation Universitaire
2003
DESS Ressources Génomiques et Traitements Informatiques
Faculté des Sciences Nancy I, Université Henri Poincaré
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Mention Bien.
Faculté des Sciences Nancy I, Université Henri Poincaré.
Sous la direction du Professeur Pierre LEBLOND.
Principaux Enseignements
- Programmation et concepts en informatique.
- Bases de données biologiques.
- Traitement informatique des séquences nucléiques et protéiques.
- Cartographie des génomes.
- Séquençage des acides nucléiques.
- Analyse et comparaison de séquences.
- Méthodes d’étude globale de l’expression des génomes, et génétique inverse.
- Prédiction de structures 3D de protéines et d’acides nucléiques.
- Dynamique des génomes.
- Evolution et phylogénie.
- Génomique humaine, pharmacogénomique, épidémiologie.
- Génomique virale
Projet Tutoré
Développement d’un service web de recherche bibliographique appliqué au polymorphisme génétique, dans la pression sanguine et l’hypertension, chez l’Homme : « From Genomes to Bibliomes ».
Stage de 7 mois à l’Institut Pasteur
Stage réalisé sous la direction du Professeur Antoine DANCHIN.
Développement d’une Base de Données dédiée à la connaissance génétique des Bactériophages et interrogeable via Internet, d’après le modèle GenoList.
- Conception du schéma relationnel de la base.
- Programmation de la structure de la base de données.
- Identification, extraction et implémentation des données biologiques d’intérêt.
- Adaptation de l’interface graphique pour l’interrogation de la base.
- Paramétrages du système d’exploitation et des outils informatiques requis.
- Collaboration avec un étudiant chinois en thèse : pratique de l’anglais.
- Rédaction d’un mémoire de DESS.
Matériel & Méthode
- MacOS X, Interface UNIX.
- Langages :
- Unix
- Perl : CGI, BioPerl, Perl DBI/DBD
- SQL
- HTML
- JavaScript
- Système de Gestion de Base de Données Relationnelles : MySQL
- Méthode d’analyse : MERISE
- Serveur Web : Apache
- Données biologiques : National Center for Biotechnology Information
2002
Maîtrise de Biologie Cellulaire et Physiologie
UFR Sciences et Techniques de Rouen
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Mention Assez Bien.
UFR Sciences et Techniques de Rouen, Place Émile Blondel, 76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.
Sous la direction du Professeur Marek LAMACZ.
Principaux Enseignements
- Physiologie animale
- Physiologie végétale
- Physiologie cellulaire et moléculaire
- Métabolisme et régulation
- Génétique moléculaire
- Initiation à la bioinformatique
Stage de 5 mois à l’Institut de Génétique et Microbiologie
Séquençage et étude de régions minisatellites chez Yersinia pestis.
- Technique PCR
- Purification d’ADN
- Extraction d’ADN sur gel
- Typage d’éléments d’insertion
- Analyse de chromatogrammes
- Utilisation d’outils informatiques de traitement et d’analyse :
- PHRAP/PHRED
- « Tandem Repeat Finder »
- « Database for Tandem Repeat Investigations »
- CLUSTALW
- ALIGNn
- BLASTn
- Rédaction d’un mémoire de Maîtrise
Co-signataire publication
C. Pourcel, G. Salvignol and G. Vergnaud
« CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies »
Microbiology ; 151 : 653-663 ; Mars 2005
2000
Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie
UFR Sciences et Techniques de Rouen
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UFR Sciences et Techniques de Rouen,
Place Émile Blondel
76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.
Principaux Enseignements
- Physiologie animale
- Physiologie végétale
- Physiologie cellulaire et moléculaire
- Métabolisme et régulation
- Génétique moléculaire
1998
DEUG Sciences de la Vie
UFR Sciences et Techniques de Rouen
1996
DEUG Physique-Chimie
UFR Sciences et Techniques de Rouen
1995
Préparation aux grandes écoles – PCSI
Lycée Aristide Briand, Evreux